复杂系统管理与控制国家重点实验室（以下简称实验室）依托于中国科学院自动化研究所，1991年成立，1994年经中国科学院批准正式对国内外开放，2011年获国家科技部正式批准立项建设为国家重点实验室。
实验室面向国际学术前沿，结合国家重大战略需求，针对工程、社会、经济和国防中涉及工程复杂性和社会复杂性的复杂系统难以管理与控制的挑战，在国际上首创平行系统ACP (Artificial Systems,
Computational Experiments, Parallel Execution) 应对方法。并以ACP为基础，以平行管理与智能控制、基于机器人技术的先进控制、智能医学、基于网络化虚拟世界的社会计算为主要研究方向，开展从基础理论、前沿核心技术到重大应用的全方位、多层次的研究和探索。通过多年建设，实验室初步建成国际一流的科学研究、技术创新和人才培养基地。
复杂系统管理与控制国家重点实验室学术委员会主任是吴宏鑫院士，学术委员会副主任是黄琳院士和王飞跃研究员，实验室主任是王飞跃研究员，实验室副主任是侯增广研究员、曾大军研究员、乔红研究员和魏庆来研究员。2017年实验室有固定人员82人，75人具有博士学位，年龄45岁以下的超过85％，拥有中国科学院院士1人，国家自然科学基金委创新研究群体3个，国家自然科学基金杰出青年基金获得者6人，国家自然科学基金优秀青年基金获得者3人，中组部“万人计划”入选者3人（其中领军人才2人，青年人才1人），中国科学院“百人计划”入选者4人，“百千万人才工程”入选者3人，IEEE Fellow 2人，IFAC Fellow
2人，AAAS Fellow 1人、ASME Fellow1人，INCOSE
Fellow 1人， IEEE及其他国际期刊主编10人次，IEEE学会主席2人，2017爱思唯尔中国高被引作者入选4人。
实验室秉承“团结互重，求实创新”的原则，不断进取，积极探索，有完善的实验室运行管理规章制度。五年来，实验室设立开放课题44项，机器鱼实验平台、智能交通实验平台、分子影像平台、社会计算及应急信息处理平台等参与公众科普开放日等活动100余次。
五年来，实验室举办钱学森国际杰出科学家系列讲座、IEEE Fellow系列讲座及复杂系统与智能科学系列讲座150余次，国际知名学者来访100余次，实验室学术带头人应邀在IEEE系列等顶级重要国际会议作大会特邀报告30余次，实验室人员在国际组织和IEEE汇刊等国际权威期刊任职50余人次。
五年来，实验室承担项目的合同金额约5.5亿元，到位经费约2.93亿元。其中包括973计划及863计划15项、科技部重点研发计划项目4项、重大科研仪器研制专项项目1项、国家自然科学基金委重大重点项目28项；实验室发表SCI论文660余篇，其中位于JCR Q1区的文章总量415篇，占比62.22%。授权发明专利269余项；获国家自然科学奖二等奖1项，国家技术发明奖二等奖1项，省部级、学会及行业奖项20余项。
五年来，实验室共培养博士后16人、博士毕业生133人、硕士毕业生67人，其中2人获得中科院优秀博士论文奖、5人获得国际会议学生最佳论文奖、10人获得中国科学院院长奖学金特别奖及优秀奖、14人获得中国科学院大学国家奖学金。
为了加强院地合作，促进科研成果的转移转化，实验室先后与广东东莞、山东青岛、河南洛阳、江苏常熟等地方政府合作，联合成立了中科院东莞研究院、青岛智能产业技术研究院、洛阳机器人与智能装备创新研究院和中国智能车综合技术研发与测试中心；先后成立北京中科融盛海洋科技有限公司、惠州先进制造产业技术研究中心有限公司及北京数字精准医疗科技有限公司，带来了良好的经济效益和社会效益，为国家和地方经济发展做出重要贡献。