中国科学院生物物理研究所是国家生命科学基础研究所，创建于1958年，其前身是1957年建立的北京实验生物研究所，著名生物学家贝时璋院士任第一任所长，现任所长为许瑞明研究员。
研究所的定位是：充分发挥多学科交叉的综合优势，在蛋白质科学、脑与认知科学、感染与免疫、核酸生物学等学科前沿领域实现基础性、前瞻性、战略性突破，加强生命科学领域关键装备的创新研制，实现关键技术和实验方法的重点突破，构建以生物制药和体外诊断为重点的转化型研究体系，在国家创新体系中发挥源头创新和骨干、引领作用。到2020年，持续产出重大引领性科研成果，争取进入生命与健康领域国际一流研究所行列。
建所以来，在贝时璋、邹承鲁、梁栋材和杨福愉等老一辈科学家的带领下，历经几代科技工作者的辛勤努力，开创并推动了我国细胞生物学、放射生物学、宇宙生物学、酶学、结构生物学、膜生物学、神经生物学、生物控制论和生物物理工程技术等学科的研究和发展，造就了一批优秀科学家，取得了一批高水平研究成果，开发了一批高技术产品，孵化和创办了数家高技术公司，创造了良好的社会效益和经济效益，为国家生命科学事业发展做出了重要贡献。
近年来，生物物理所在蛋白质科学、脑与认知科学、感染与免疫、核酸生物学、蛋白质与多肽药物等学科领域取得了一系列重要研究成果。生物物理所拥有生物大分子、脑与认知科学两个国家重点实验室，感染与免疫、核酸生物学两个中国科学院重点实验室，蛋白质与多肽药物和交叉科学两个重点实验室以及依托二者建设的“北京市生物大分子药物转化工程技术中心”和“北京市生物医学分子检测工程技术研究中心”。
中科院蛋白质科学研究平台和北京磁共振脑成像中心依托研究所建设，为科研提供完备的公共技术支撑，同时开展实验方法学和实验技术创新研究，并面向社会开放共享。
依托生物物理所建设的“中国科学院生物大分子科教融合卓越创新中心”汇集最具创新活力的生物大分子研究领域优秀人才，以中国科学院战略性先导科技专项（B类）“生物超大分子复合体的结构、功能与调控”为牵引，建设世界一流的生物大分子功能与结构研究平台，营造创新、开放、竞争、流动的新机制，形成我国生物大分子科学研究重大成果的发源地，成为追求科学卓越，致力于科学和技术原创的世界顶尖生物大分子研究中心之一，并为我国人口健康和社会可持续发展提供科技支撑。
生物物理所牵头承办中国科学院大学生命科学学院，紧密依靠动物所、遗传发育所、植物所、微生物所、北京基因组所、心理所等京区生命科学研究机构，汇聚京区生命科学研究最优秀的核心人才和优势资源，协同创新，教研相长，以科学的卓越支持一流的本科生和研究生教育，构建科教融合平台。
生物物理所是国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位、自行增列博士生导师试点单位及中国科学院博士生重点培养基地单位。研究所现有生物学、心理学、基础医学3个一级学科。设有二级学科生物化学与分子生物学、生物物理学、认知神经科学、神经生物学、细胞生物学、生物信息学、免疫学、再生医学专业硕士、博士培养点各8个；生物工程专业1个。研究生导师105人（含兼职23人），培养毕业研究生1709人，至2018年底在学研究生677名。1987年建立博士后流动站，一级学科为生物学，二级学科包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、生物物理学等，在站博士后54人。
生物物理所1998年被国家科委列为中国科学院五个基础研究所改革试点单位之一，2001年进入中国科学院知识创新工程试点，2005年被评为中国科学院优秀研究所进入知识创新工程三期，2010年被中国科学院评为首批整体择优进入“创新2020”。院党组部署实施“率先行动计划”、启动研究所分类改革后，2015年第2次院长办公会议决定依托生物物理所成立中国科学院生物大分子科教融合卓越创新中心，2017年通过验收，进入正式运行阶段。生物物理所承担了国家重点研发计划、国家重大科技专项、国家自然科学基金和中科院先导科技专项等多项国家和院重大科研任务。
生物物理所先后获得国家自然科学奖一等奖2项、二等奖11项，国家科学技术进步奖二等奖4项，并多次获得省部级及中国科学院重要奖项，已授权及在申请专利200余项，发表高水平论文数量和篇均引用数位居全国生命科学研究机构前列。
近年来，生物物理所与多家科研机构、高等学校、生物医药企业建立了联合实验室，在广东佛山、江苏淮安和苏州积极布局核心技术成果转化基地。与国外科研机构和高校广泛深入开展协作，现已合作共建了中日结构病毒学与免疫学联合实验室、中澳脑科学与认知联合实验室等联合单元。
生物物理所是中国生物物理学会、中国认知科学学会的挂靠单位。主要出版物包括《生物物理学报》《生物化学与生物物理进展》和《Protein & Cell》，其中《生物化学与生物物理进展》《Protein & Cell》是SCI收录期刊。研究所现拥有1100平方米的图书馆，开通了科技文献数据库19个，可访问2700余种外文学术期刊和大部分中文学术期刊。
生物物理所的办所原则是：服从国家需要，理论联系实际，赶超世界先进水平；共同愿景是：探索生命奥秘，创造人类幸福；核心价值观是：创新、一流、责任、奉献；文化理念是：和谐、民主、自由。
实验室立足于脑与认知科学的基础研究，同时开展相关领域的多学科交叉研究。以“围绕研究方向形成共同的研究计划、建设共同的实验环境平台、创立新的原则”为主要研究目标。实验室成立以来，在SCI和SSCI收录期刊上发表论文数百篇。其中，本实验室提出的“大范围首先”的拓扑性质知觉理论，被Visual Cognition（2005）以专辑的形式进行介绍和讨论；以果蝇为模式生物探索认知机制的系列研究，连续在Nature(2006)、Science(2005,2005,2007)杂志发表,并被权威期刊《Cell》在《Leading
Edge》栏目作为神经生物学的头条加以介绍。此外，关于蛙的声通讯机制的研究（Nature, 2006），关于人类视皮层特性的研究（Nature Neuroscience, 2007），关于左右脑拓扑性质知觉差异的研究（PNAS, 2007，PNAS杂志特邀S.He做专文评述），以及关于视觉神经回路的研究（Nature Neuroscience, 2008），均取得重要进展。